Sejarah berdirinya STIKes RS Prof. Dr. J.A. Latumeten berawal dari pendirian Sekolah Pengatur Rawat Rumkit Tk.III. Dr. J. A. Latumeten yang berdiri pada tahun 1975 atas atas dasar perintah lisan dr. Moh. Issa sebagai Kepala Pusat Pendidikan Tenaga Kesehatan Departemen Kesehatan Republik Indonesia. Pada tahun 1982 Sekolah Pengatur Rawat Rumkit Tk.III. Dr. J. A. Latumeten berubah nama menjadi Sekolan Perawat Kesehatan (SPK) Rumkit Tk.III. Dr. J. A. Latumeten.

Dalam rangka meningkatkan mutu tenaga kesehatan sesuai kebutuhan dan perkembangan masyarakat perlu meninggkatkan Sekolah Perawat Kesehatan (SPK) Rumkit Tk.III. Dr. J. A. Latumeten menjadi perguruan tinggi, sehingga pada tahun 2003, SPK Rumkit Tk.III. Dr. J. A. Latumeten dikonversi menjadi Akademi Keperawatan Rumkit Tk.III. Dr. J. A. Latumeten berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia nomor HK.03.2.4.1.3027 tanggal 04 Agustus 2003 tentang Izin Konversi Sekolah Perawat Kesehatan Rumkit Tk.III. Dr. J. A. Latumeten menjadi Akademi Keperawatan Rumkit Tk.III. Dr. J. A. Latumeten Provinsi Maluku di bawah binaan Menteri Kesehatan Republik Indonesia.

Sejak pendirianya, Akademi Keperawatan Rumkit Tk.III. Dr. J. A. Latumeten berada di bawah pembinaan Menteri Kesehatan Republik Indonesia dan dalam rangka meningkatkan pembinaan penyelenggaraan Akademi Keperawatan Rumkit TK III Dr JA.A Latumetten Kesdam XVI/Pattimura dan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan, maka mulai tahun 2011 pembinaannya dialihkan ke Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor 119/E/O/2011 Tentang Alih Bina Akademi Keperawatan Rumkit TK III Dr JA.A Latumetten Kesdam XVI/Pattimura Di Ambon Provinsi Maluku Yang Diselenggarakan Oleh Yayasan Wahana Bhakti Karya Husada Di Jakarta Pusat Provinsi DKI Jakarta Di Bawah Pembinaan Kementerian Kesehatan Menjadi Akademi Keperawatan Rumkit TK III Dr JA.A Latumetten Kesdam XVI/Pattimura Di Ambon Provinsi Maluku Yang Diselenggarakan Oleh Yayasan Wahana Bhakti Karya Husada Di Jakarta Pusat Provinsi Dki Jakarta Di Bawah Pembinaan Kementerian Pendidikan Nasional.

Dalam rangka mengembangkan institusi pendidikan tinggi dan keilmuan di bidang kesehatan, Yayasan Wahana Bhakti Karya Husada Perwaklan Daerah Maluku pada tahun 2021 dengan surat nomor B/06/YWBKH/VII/2021 tanggal 12 Juli 2021 mengajukan usul perubahan bentuk Akademi Keperawatan Rumkit TK III Dr JA. A Latumetten Kesdam XVI/Pattimura menjadi sekolah tinggi dengan nama Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan RS Prof. Dr. J.A. Latumeten dengan penambahan program studi S1 Administrasi Rumah Sakit. Usul prubahan bentuk dengan penambahan progam studi ini mendapatkan persetujuan pada 7 Juni 2022 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia Nomor: 379/E/O/2022 tentang Izin Prubahan Bentuk Akademi Keperawatan Rumkit Tk III Dr. JA.A. Latumeten Kesdam XVI/Patimura Di Kota Ambon Menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan RS Prof. Dr. J.A. Latumeten Di Kota Ambon Provinsi Maluku Yang Diselenggarakan Oleh Yayasan Wahana Bhakti Karya Husada.