Sistem penjaminan mutu STIKES RS Prof. DR. J.A. Latumeten dilakukan secara bertahap, sistematis, terencana, dan terarah, dimotori oleh Rektor STIKES RS Prof. DR. J.A. Latumeten sebagai penanggungjawab penuh SPMI STIKES RS Prof. DR. J.A. Latumeten. Pimpinan STIKES RS Prof. DR. J.A. Latumeten menyusun program penjaminan mutu baik akademik maupun non akademik yang memiliki arah target dan kerangka waktu yang jelas.

Sebagai bagian dari sistem pendidikan nasional, penjaminan mutu internal di STIKES RS Prof. DR. J.A. Latumeten merujuk pada  Standar Nasional Pendidikan Tinggi (Permenristekdikti No. 3 tahun 2020). Menurut Permendikbud No.3/2020 Bab I Ketentuan Umum, pasal 1 “Standar Nasional Pendidikan Tinggi adalah satuan standar yang meliputi Standar Nasional Pendidikan, ditambah dengan Standar Nasional Penelitian, dan Standar Nasional Pengabdian kepada Masyarakat”. Lebih lanjut pasal 4 pada peraturan yang sama menyatakan Standar Nasional Pendidikan terdiri atas: (a) standar kompetensi lulusan; (b) standar isi pembelajaran; (c) standar proses pembelajaran; (d) standar penilaian pembelajaran; (e) standar dosen dan tenaga kependidikan; (f) standar sarana dan prasarana pembelajaran; (g) standar pengelolaan pembelajaran; dan (h) standar pembiayaan pembelajaran.

Standar Nasional Penelitian,  sesuai dengan pasal 45 Permendikbud No.3/2020 menyatakan bahwa ruang lingkup standar penelitian terdiri atas: (a)  standar hasil penelitian; (b) standar isi penelitian; (c) standar proses penelitian; (d) standar penilaian penelitian; (e) standar peneliti; (f) standar sarana dan prasarana penelitian; (g) standar pengelolaan penelitian; dan (h) standar pendanaan dan pembiayaan penelitian.